با اعلام وزارت کشور عربستان مبنی بر اعدام شیخ نمر روحانی و رهبر شیعیان عربستان، مراجع تقلید قم با صدور بیانیه‌های جداگانه ضمن محکومیت این اقدام حوزه‌های علمیه سراسر کشور را تعطیل اعلام کردند.
همچنین در راستای این اقدام شورای هماهنگی تبلیغات اسلامی قم با صدور اطلاعیه‌ای از اقشار و گروه‌های مختلف مردم قم دعوت کرد تا همگام با طلاب و روحانیون در تجمع اعتراض آمیزی که فردا ساعت ۱۰ و ۳۰ دقیقه صبح در مسجد اعظم قم برگزار می‌شود شرکت کنند.
سخنران این مراسم بر اساس اعلام صورت گرفته آیت الله سید احمد خاتمی است.
اقدام آل سعود جنایتی فراموش نشدنی است
یادآور می‌شود: آیت الله العظمی مکارم شیرازی در پی اعدام شیخ نمر با انتشار بیانیه‌ای ضمن محکومیت اقدام آل سعود، این جنایت را فراموش نشدنی توصیف کرد.
در متن پیام آیت الله مکارم شیرازی آمده است: خبر وحشتناک اعدام آیت الله شیخ نمر و ۴۶ نفر از بیگناهان جهان اسلام را در بُهت و تعجب فرو برد، به خصوص اینکه این جنایت تحت عنوان خوارج و تکفیر صورت گرفت؛ اگر کسانی تاکنون تردید داشتند که کانون فتنه و تکفیر در جهان، آل سعود هستند با این نمونه آشکار جای تردیدی باقی نماند.
ما به شدت این جنایت هولناک را محکوم می‌کنیم و به یقین انتقام آن گرفته خواهد شد و می‌دانیم این جنایت انتقام شکست‌هایی است که آل سعود در عراق و سوریه و یمن دامنگیرشان شده است، ولی باید در انتظار شکست‌های مهم‌تری در این سه منطقه باشند.
به یقین این جنایت، بدون اطلاع آمریکا نبوده است، آن‌ها در مسائل کم اهمیت‌تری با نظر آن‌ها اقدام می‌کنند و می‌دانیم در راستای ایجاد جنگ طائفه‌ای میان سنی و شیعه است، اما هم سعودی‌ها و هم آمریکا کور خوانده‌اند، ما با برادران اهل سنت اختلافی نداریم، اختلاف ما با تکفیری‌هاست که همه مسلمین در برابر آن‌ها اتفاق نظر دارند.
آل سعود بدانند این جنایت فراموش نشدنی است و آثار این کار نابخردانه را در آینده خواهند دید.
نه تنها شیعیان جهان و اهل سنت این جنایت را شدیدا محکوم می‌کنند، بلکه تمام آزادگان دنیا نیز آن را محکوم خواهند کرد.
آن‌ها چه گناهی داشتند، قیام مسلحانه کردند!؟ کسی را کشته بودند!؟ تنها گناه‌شان این بود که می‌گفتند اقلیت شیعه در عربستان سعودی از حقوق حقه خویش باید برخوردار شوند و برای انجام مراسم مذهبی آزاد باشند. آیا این گناه است و در خور آن جنایت سنگین.
خون شیخ نمر خواب راحت را از آل سعود می‌گیرد
آیت الله العظمی صافی گلپایگانی نیز طی پیامی اعدام شیخ نمر را محکوم و این اقدام عربستان را موجب سیاه‌تر شدن روی این رژیم عنوان کرد.
در پیام آیت الله صافی گلپایگانی آمده است: با کمال تأسف و تأثر مطلع شدیم که رژیم سفاک و خون آشام سعودی، بار دیگر طینت جنایتکارانه خود را نشان داد و یکی از بندگان بی‌گناه، مظلوم و آزاده را با تعداد دیگری از ستمدیدگان به شهادت رساند. رژیمی که با نوشیدن خون پاک مظلومان و آزادگان خود را سیراب نموده و راه و رسم جنایتکاران بزرگ تاریخ را دنبال می‌نماید.
شهادت عالم آزاده، روحانی عالی مقام، شهید بزرگوار شیخ نمر رضوان الله تعالی علیه روی سیاه این رژیم را سیاه‌تر و خبث و پلیدی باطن آن‌ها را آشکار‌تر نمود.
حکام آل سعود که ان شاء الله تعالی سقوط آنان نزدیک است بدانند که خون به ناحق ریخته این روحانی شهید، خواب راحت را از آنان سلب نموده، جهان اسلام را بیدار کرده و راه سقوط را برای این رژیم هموار خواهد نمود. مسلماً این جنایت ددمنشانه را آزادگان دنیا و مجامع آزاد بین المللی محکوم خواهند نمود و فریاد مظلومیت این شهید بزرگوار به گوش جهانیان خواهد رسید.
اینجانب به جهان اسلام و مردم غیور و مسلمان عربستان که از ستم و جنایات رژیم سفاک خود خسته شده‌اند و به خانواده بزرگ و داغدار این شهید بزرگوار تبریک و تسلیت گفته، ترفیع درجات این شهید سعید و سایر شهیدان را از خداوند متعال مسئلت دارم.
عربستان اسلام را بدنام کرده است
آیت الله العظمی نوری همدانی نیز قبل از ظهر شنبه در دیدار مسئولان برگزار کننده اجلاس نماز استان قم با اشاره به اعلام خبر تأسف‌بار اعدام شیخ نمر، بیان کرد: علمای ایران، عراق، لبنان و سایر کشور‌های اسلامی اعدام شیخ نمر را ظالمانه و مغرضانه دانسته و درخواست رد این حکم را کرده بودند اما امروز خبرگزاری‌ها از اعدام این عالم خبر داده‌اند.
وی با بیان اینکه عربستان سعودی دارای یک مذهب خرافی است که اسلام را بدنام کرده است، افزود: عربستان سعودی داعش و تکفیری‌ها را پرورش می‌دهد و اسلام را دینی خشن معرفی می‌کند.
استاد سطوح عالی حوزه با بیان اینکه اعدام شیخ نمر، دهن کجی به همه شیعیان و اهل تسنن است، افزود: علمای اهل سنت و شیعه باید در برابر اعدام شیخ نمر عکس العمل شدیدی را نشان دهند.